當(dāng)人類在發(fā)現(xiàn)和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的兩大界- 動(dòng)物界和植物界。隨著人們對微生物認(rèn)識的逐步深化，從兩界系統(tǒng)經(jīng)歷過三界系統(tǒng)、四界系統(tǒng)、五界系統(tǒng)甚至六界系統(tǒng)，直到70 年代后期，美國人 Woese等發(fā)現(xiàn)了地球上的第三 生命形式 -古菌，才導(dǎo)致了生命 三域?qū)W說 的誕生。該學(xué)說認(rèn)為生命是由古菌域(Archaea) 、細(xì)菌域 (Bacteria)和真核生物域 (Eucarya) 所構(gòu)成。古菌域包括嗜泉古菌界(Crenarchaeota) 、廣域古菌界 (Euryarchaeota)和初生古菌界 (Korarchaeota) ；細(xì)菌域包括細(xì)菌、放線菌、藍(lán)細(xì)菌和各種除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、動(dòng)物和植物 。除動(dòng)物和植物以外，其它絕大多數(shù)生物都屬微生物范疇。由此可見，微生物在生物界級分類中占有特殊重要的地位。

生命進(jìn)化一直是人們關(guān)注的熱點(diǎn)。Brown 等依據(jù)平行同源基因構(gòu)建的"Cenancestor" 生命進(jìn)化樹，認(rèn)為生命的共同祖先 Cenancestor是一個(gè)原生物。原生物在進(jìn)化過程中產(chǎn)生兩個(gè)分支，一個(gè)是原核生物 ( 細(xì)菌和古菌) ，一個(gè)是原真核生物，在之后的進(jìn)化過程中細(xì)菌和古菌首先向不同的方向進(jìn)化，然后原真核生物經(jīng)吞食一個(gè)古菌，并由古菌的 DNA取代寄主的 RNA 基因組而產(chǎn)生真核生物（圖片來源于網(wǎng)絡(luò)）。

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